讚誉
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丹·布朗的小说在2003年出版来一直是一部非常成功的作品，销售上甚至可与广受欢迎的《哈利·波特》丛书相匹敌。该书产生了大量相关书籍，並在《纽约时报》、《人物》杂志以及《华盛顿邮报》上受到热评[3]。很多人赞扬该书情节引人且发人思考。这本书还重新燃起了对天主教会历史的兴趣。
批评
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由于此书开篇宣称：
“本书中所有关于艺术品、建筑、文献和秘密仪式的描述均准确无误。”
许多人认为《达芬奇密码》曝光了基督教正统过去的真相。但其结果招致了来自天主教和其它基督教团体、历史学家、艺术史家及其它抱怨其研究粗糙的读者们的负面批评。有历史学家认为丹・布朗歪曲——有时甚至捏造了——历史。另一方面，包括作者在内[4]有人指出开篇的声明并没有声称小说中的人物所提出的关于抹大拉的马丽亚，耶稣及基督教历史的理论是都准确的。
批评包括：
325年之前基督的追随者认为他仅仅是一个“凡人先知”，是君士坦丁透过政治手段，在第一次尼西亚公会议上微弱优势的选票才使得基督教接受了基督的神性：有许多作者引证第一次尼西亚公会议以前的圣经和教父中大量材料揭穿了这一点。（见例，另见Olson和Meisel (2004),引自Philip Hughes著《The Church in Crisis: A History of the General Councils, 325——1870》(1964).）在第一届尼西亚会议上，问题的中心在于基督与上帝是否一体，或者说基督是否首先被造，是否是仅次于父而高于其它被造物（参见阿里乌教派）。而此书的中心议题为女神和男女两性的联合，这是现代新纪元运动中异教巫术的要务，从未成为早期基督教的议题。丹·布朗没有引用正典内外的根据以支持其论点。可以认为抹大拉的马丽亚在历史中的角色被普遍低估，这是有经文根据的；但是她与基督之间的暧昧关系却纯属猜测；甚至诺斯替派的经外作品也没有这样离谱。
書中聲稱《死海古卷》和《漢馬地古卷》是最早期的基督教文獻；但事實上，《死海古卷》是猶太人的文獻，而非基督教文獻；除了《多馬福音》之外，沒有證據可以證明在公元二世紀之後已經有《漢馬地古卷》的文獻存在。
称“抹大拉的玛丽亚属便雅悯支派”（58章）。这是没有历史证据的，实际上抹大拉位于以色列的北方，而便雅悯支派却居住在南方。
耶稣和抹大拉的玛丽亚传闻中的婚姻“结成了有效的政治联盟，这样，他就有可能合法地要求继承王位”：关于耶稣的国度的世俗内涵是学界长期以来争论的题目。对于相信福音书记载的人而言，他死后复活升天使他不会成为俗世的君王。然而基督教会与世俗政府的联系是不可否认的。
“女性崇拜”遭到基督教的镇压：举例而言，在罗马天主教裡玛利亚作为耶稣的母亲，受到特别的礼敬，认为她是“天主之母”，“天上母后”，是所有人灵性的母亲，无玷原罪。然而值得注意的是在福音书中耶稣并没有给予她殊荣，特别对待。对这一主张的反驳是耶稣告诉他所爱的那门徒要像照顾自己母亲那样照顾她。
声称罗絲林礼拜堂“为圣殿骑士团所建”。实际上由Sir William St Clair，第三任奥克尼伯爵（third Earl of Orkney）和罗斯林勋爵（Lord of Rosslyn）修建。
称“在追捕女巫的三百年中，被教会绑在柱子上烧死的女性多达五百万”。很多批评者认为这是有问题的，因为根据现有的数据无法支持这样的估计。从九百万到几百人两个极端的数字都见報導，但也都遭到强烈质疑。一般认为在四至六万之间，大多数由在俗的基督教信徒组成的法庭判决而非教会。判处女巫火刑也流行于一些新教宗派，尽管《达文西密码》认为皆系天主教所为。(Jenny Gibbons, Brian Levack, WIlliam Manchester, Norman Cantor）
宣称奥林匹克运动会的原意是为了“礼赞金星的神奇”（6章，金星此处即指维纳斯Venus或阿佛洛狄忒）。虽然奥林匹克节庆的由来已很难考证，但有详尽的文献记载这是向宙斯和珀罗普斯致敬，而非维纳斯阿佛洛狄忒。
称圣殿骑士团设计的哥特式建筑是为了“记录神圣女性的秘密”。历史学家认为圣殿骑士团的欧洲教堂建筑并无关系，通常此类事务交由主教委办。
将圣殿骑士团描绘为“建筑行业公会的建立者”，秘密的保守者。研究圣殿骑士团的历史学家有充分的证据指出[圣殿骑士团]并不参与建筑施工项目或者建立石匠的行会，他们多数都是文盲，不懂得“神圣的几何”（据称传自金字塔的建造者）。然而他们建造了大量的要塞。至于共济会则成立于18世纪，因而他们希望重写圣殿骑士团的历史。
将郇山隐修会描绘为一个古代组织：郇山隐修会是一个真实存在的组织，该组织宣称曾为圣殿骑士团骨干。大多数历史学家则怀疑现今的郇山隐修会起源于第二次世界大战以后，原因在于该组织向法国政府登记是在1956年，在1962年才为人所知（参见Pierre Plantard（英语：Pierre Plantard））。然而该会声称继承了中古时代的郇山隐修会，一个建于1090年至1112年间的圣奥思定会小团体，教会位于最后晚餐假想的地点，于1619年被国王路易十三查禁。
暗示圣殿骑士团所使用的教堂都建为圆形，而教会视圆形为冒犯：有些圣殿骑士团所使用的教堂并非圆形，而圆形的教堂是为了敬礼圣墓教堂。除此以外也有不少圆形教堂，包括布拉芒特为教宗儒略二世所建造的圣伯多禄修院小教堂（Tempietto，位于圣伯多禄倒挂十字架处）。在许多基督教思想家看来，圆形是神圣而完美的。
认为蒙娜丽莎是列奥纳多·达·芬奇的自画像，并认为其标题意指埃及神祇阿蒙和艾西斯：历史上蒙娜丽莎究竟何人并不清楚，但具有说服力的材料指出，她是丽莎·格拉迪尼，另可能是阿拉贡的伊莎贝拉。然而有研究者利用“变形”技术（"morphing" techniques）认为画像与列奥纳多惊人地相似（贝尔实验室的Lillian Schwartz（英语：Lillian Schwartz）和伦敦Maudsley医院的Digby Quested）。蒙娜Mona系madonna（意即太太，女士）之缩写。丽莎Lisa是最有可能的画中人的名字。无论如何，此画在意大利语中最常用的名字是La Gioconda（丽莎·格拉迪尼夫家的姓）。
书中以确凿的口气称列奥纳多·达芬奇是同性恋。然而达芬奇个人生活中的线索构成了这一论点的基础，但未有确论，学界亦无共识。
把主业会当成天主教修会，是教宗自治社團（英语：Personal prelature）。事实上主业会的成员中没有修士，主要由平信徒组成。「自治社團」并不说明与教宗有特别的关系，其监督治理的权限并非一个固定的地区，而是“不同的地区或不同的社会团”中的“自治”。然而主业会的成员中的确有禁欲苦修，自二世纪聖安多尼起基督教即有此传统。
称列奥纳多《岩间圣母》第一版因有异端内容而被教会否决。此说并无任何证据。
抹大拉的玛丽亚被教会当作妓女（58、60章）。这来缘于教宗圣额我略一世把《路加福音》第七、八章的两个人物联系在了一起。其一是抹大拉的玛丽亚，据记载被鬼附体：“抹大拉的玛丽亚，曾有七个鬼从她身上赶出来。”（路加福音8:2）。额我略把她和伯大尼的玛丽亚以及未具名的女“罪人”当作了一个人。后来玛丽亚又被当作《约翰福音》里“行淫时被拿的妇人”（约翰福音第八章），使玛丽亚更加接近性犯罪。天主教传统与其它基督教传统相反，确曾有意为这样的联系辩白（参见Catholic Encyclopedia [1] （页面存档备份，存于互联网档案馆）），然而把玛丽亚的角色从行淫上升到娼妓起源于她作为悔罪女子的主保圣人。[2] 婉语“从良妓女”magdalen即源于此（参见Magdalen Asylum（英语：Magdalen Asylum）），并和玛丽亚产生了联系。
称旧约圣经中表示神之名四个字母“是由代表男性的Jah与古犹太人给夏娃取的犹太名Havah构成的雌雄同体”（74章）通常认为圣经原文中的这四个字母（י yod, ה heh, ו waw, ה heh）意思是「存在」或「发展」，用来表示神的名字。
暗示金星在日落后不久可以在东方的夜空里看见（105章），这在天文上是不可能的。这个差错在一些后来的版本里已被纠正，如英国简装版第28版，ISBN 0-552-14951-9以及目前的美国精装版等版本 - [3] （页面存档备份，存于互联网档案馆） 。
布朗把金星的周期描述为“每四年在空中的运行轨迹正是一个正五角形”，并以此作为奥运会每四年一度的根据。事实上金星在八年中运行五个周期[4] （页面存档备份，存于互联网档案馆） [5] （页面存档备份，存于互联网档案馆），古希腊和玛雅人都了解这一事实。这个八年的周期是预报金星凌日的重要因素。这个差错在一些后来的版本里已被纠正，如英国简装版以及美国精装版2003年四月等版本 - [6] （页面存档备份，存于互联网档案馆） 。
认定“左”与“阴险”sinister等负面的词汇联系在一起乃是出于“教会的中伤”；事实是这种关联的产生早于基督教，而且在其它文化中也有出现，如印度教（例如，“left hand tantra”）。此外，“左脑”通俗地来说意味着非理性和情感，并非如此；大脑的左半球主要与理性和雄性机能相關。
宣称早期的以色列人崇拜耶和华那样地崇拜Shekinah。事实是Shekinah（源自希伯来语“住所”一语）从未出现在早期犹太教中，在后来的犹太教塔木德中意指“住所”，或者上帝与他的百姓同在。也可以解释为上帝“家庭的”或阴性的一面。
《达芬奇密码》的流行，和对于书中记录正确性的普遍接受，在基督教群体中引起了争议，并导致了针对这一议题的大量书籍的出版。其中包括Carl Olson和Sandra Miesel的The Da Vinci Hoax（《达芬奇恶作剧》）。
把学者尚未解决的争议性话题断言为事实，这是对此书质疑的很大来源。很多人认为，书中宣称本身准确无误，哪里是“事实”的结束和虚构的开始却模糊不清。再加上宗教团体称其对争议性宗教观点的反对和冒犯，大量的争论和偏袒性资料便由此引发。
本书曾受到广泛的批评因为它被认为反映了陈旧的新教徒对天主教的毁谤（见，2005年7月24日BBC的Sunday节目），或者更一般的说，反映了反对教会干预政治的传统。2005年3月15日，天主教熱那亞總教區總主教、信理部前第二负责人達濟斯·貝爾托內樞機以具有反天主教倾向为理由申斥此书及其发售者。“它看起來就像是倒退到了十九世纪的反神职人员的小册子，”他说。它是“粗俗和荒谬”的对历史的扭曲，充斥着“廉价的谎言。”该樞機同时也坚决维护被作为该书主要目标的天主教组织主业会。
关于此书和其它作品的写作手法，布朗也受到了批评。《达芬奇密码》中许多角色定位明显带有美国对欧洲人的偏见，致使欧洲人尤其抨击布朗有欠思考的陈腐说庋和“厌烦的偏见”。
聲稱郇山隐修会是一個存在於歐洲多個世紀，並保守著耶穌基督與抹大拉馬利亞結婚的秘密；但事實上，經美國時事雜誌《60分鐘》派記者艾德·布萊德利（Ed Bradley）查證之後，發現該會只有四十多年的歷史，並且還偽造了一份郇山隐修会成員名單的假文獻，宣稱達文西是郇山隐修会的會員。
法律纠纷
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2006年2月，Michael Baigent和Richard Leigh，《聖血與聖杯》三位作者中的两位，为了著作权将《达芬奇密码》的英国出版商告上了法庭，并主张其抄袭。[5]4月7日，英國倫敦高等法院做出最後判決。法官認定达芬奇密碼作者並未涉嫌抄襲原告小說內容，因此將本案駁回。[6]